关于全血样本高成功率的提取、送样,这篇文章都讲全了!
努力科研的小A
科技君,最近我在做的科研项目中需要寄送全血样本,但总是遇到提取成功率低,不确定选择哪些试剂,不确定送样量等困扰,你能帮我解答吗~
没问题,别担心,最近有很多老师和同学都有遇到这个问题~ 科技君先为大家讲解一下全血样本。👇
科技君
全血的血浆中含有极其丰富的核酸酶。只要血液中的白细胞保持完整,这些核酸酶就不会破坏核酸。当血液样本储存在4°C时,随着时间的推移,白细胞会变得越来越不稳定,核酸容易被释放出来与核酸酶接触,从而导致核酸降解。全血冷冻后,解冻时冰晶会破坏白细胞结构,释放的核酸会被核酸酶迅速降解,尤其是RNA。
因此,正确选择全血的保存方式,对于提高核酸提取成功率是必不可少的。
了解完全血样本,科技君就为大家一一介绍DNA提取、RNA提取,以及试剂的选择、送样建议等,希望为各位老师提供科研参考~
科技君
一
DNA提取
采集保存建议:EDTA抗凝管采集(紫色)
步骤①
样本采集前,先用碘酒,碘伏等皮肤消毒剂由内向四周对采血部位进行消毒;
步骤②
静脉穿刺采集外周血完成后,立即轻柔180°颠倒混匀采集管10次;
步骤③
混匀完毕后,正立放置于室温下10分钟,转入耐低温的2mL螺纹口冻存管中(由于EDTA抗凝采血管大多为玻璃管,采血管原管寄送易破裂,易造成样品污染、损失);
步骤④
转入-80℃冰箱保存,使用干冰进行运输。
注意事项:禁止使用肝素抗凝,因为肝素会严重影响后续的酶促反应,如反转录,PCR等。
二
RNA提取
Globin mRNA在全血(骨髓)中丰度很高,大约占总mRNA中的70%。Globin mRNA序列保守,研究价值极为有限,因此其存在会造成数据浪费,并显著降低其他低丰度转录本检出的灵敏性。由于Globin mRNA主要来自成熟红细胞,因此,华大科技建议先去除全血中的红细胞再提取RNA,或者直接提取全血中的RNA,建库时选择去除Globin mRNA的方法(但仅限人、小鼠、大鼠,且新生儿除外)。
需要去除Globin mRNA的产品有:转录组、表达谱、LncRNA。
采集保存建议(根据研究目的不同来选择去除红细胞的方法):
送样前去除红细胞的方法1:PBMC分离
使用EDTA抗凝采血管收集产品所需全血,分离PBMC进行送样,具体操作参考PMBC分离试剂盒说明书。收集的细胞沉淀可用适量的TRIzol充分裂解(充分裂解的标准:吹打时液体不粘稠,流动性好,无明显絮状物;不充分可再补加TRIzol),室温放置5min,然后转存于-80°C冰箱,送样时干冰寄送。
优点:提取成功率90%+(前期操作无异常的情况下)。
缺点:①操作较为复杂,对实验技术有一定要求;②获得的PBMC不含中性粒细胞、嗜碱性粒细胞和嗜酸性粒细胞。
送样前去除红细胞的方法2:裂解红细胞
使用EDTA抗凝采血管收集产品所需全血,裂解红细胞后进行送样,具体操作参考红细胞裂解试剂盒说明书。收集的细胞沉淀可用适量的TRIzol充分裂解(充分裂解的标准:吹打时液体不粘稠,流动性好,无明显絮状物),室温放置5分钟,然后转存于-80°C冰箱,送样时干冰寄送。
优点:操作简单、提取成功率90%+(前期操作无异常的情况下)。
缺点:①有可能裂解红细胞不彻底,也有可能会裂解其他种类细胞;②不适用于有核红细胞的裂解,例如鸟或禽类的红细胞。
PAXgene™管送样
使用PAXgene™ Tubes收集产品所需全血后,室温直立放置至少2小时(不超过72小时),然后转存于-80°C冰箱,送样时干冰寄送。提取RNA后使用去globin mRNA产品的方法建库(涉及到的产品有转录组、表达谱、LncRNA),去除globin mRNA,限人、小鼠、大鼠物种(新生儿除外)。
优点:操作简单,提取成功率90%+(前期操作无异常情况下)。
缺点:收集管与提取费用较高。
TRIzol送样
使用EDTA抗凝采血管收集产品所需全血后,加入5倍体积的TRIzol混匀,室温放置5分钟,然后转存于-80°C冰箱,送样时干冰寄送。提取RNA后使用去globin mRNA产品的方法建库(涉及到的产品有转录组、表达谱、LncRNA),去除globin mRNA,限人、小鼠、大鼠物种(新生儿除外)。
优点:操作简单、成本低。
缺点:①相较于前3种方法提取成功率偏低,约为70%+;②提取费用会增加。
三
参考试剂
四
送样建议
注:华大科技会定期更新发布各产品送样建议,以最新送样建议为准。
参考文献:
[1]Krjutškov K, Koel M, Roost AM, et al. Globin mRNA reduction for whole-blood transcriptome sequencing. Scientific Reports. 2016 Aug 12;6:31584.
[2] Mastrokolias A, den Dunnen JT, van Ommen GB, et al. Increased sensitivity of next generation sequencing-based expression profiling after globin reduction in human blood RNA. BMC Genomics. 2012 Jan 18;13:28.
[3] GLOBINclear™ KitInstruction Manual. Thermo Fisher Scientific. Manual 1981M Revision B.
[4] Vartanian K, Slottke R, Johnstone T, et al. Gene expression profiling of whole blood: Comparison of target preparation methods for accurate and reproducible microarray analysis. BMC Genomics. 2009 Jan 5;10:2.
[5] Madhan Jeyaraman, Ramesh.R. The efficacy of Autologous Conditioned Serum (ACS) in patients with early osteoarthritis knee.
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